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厦门湾十万吨主航道（九折礁至墓前礁）：长约43.6公里，底宽300米，水深-14米——- -14.5米以上，潮流流速2-3节，可通航各大、中船舶、有进港导标。（2004年6月15日通过验收）
鹭江航道：位于厦门岛和鼓浪屿之间的鹭江内，长约2海里，宽160-300米，水深-7.20米，潮流流速2-3节，可通航小型旅游船、有进港导标。
东渡航道：东渡航道猴屿西航段：位于猴屿西侧，长约1.8海里，宽200米，水深-10.50米。 潮流流速2-3节，可满足2．5万吨级以下船舶全天候双向通航的要求，还可以适应5万吨级船舶及第四代集装箱船舶乘潮单向通航的要求。有较完善的助航标志。（2003年10月24日通过验收）
东渡航道猴屿东航段：位于猴屿东侧，长约3海里，宽300-800米，水深-9.70米。 潮流流速2-3节，可通航大、中型船舶，乘潮可通航5万吨船舶，有较完善的助航标志。
海沧航道：位于鼓浪屿西南方，呈东东南到西西北走向，可航宽度180米，水深-11.50米，可通航万吨级船舶，乘潮可通航10万吨船舶，有较完善的助航标志。
猴屿至石湖山码头航道：猴屿至石湖山煤码头19号泊位：长约3海里，宽200-250米，水深-12米以上，但在主航道附近有-8.5米的水深，潮流流速2-2.4节，可通航大、中型船舶，有较完善的助航标志。
马銮航道：位于象屿至马銮海堤间，长约3.1海里，宽150米，水深-6.1米，可通航3000吨级船舶，航道设有马銮2—8号灯浮。
石湖山煤码头至高集海堤：长约2.3海里，南部宽300-500米，水深-5米；北部宽20-150米，水深-2米、只能通过小船，航道内没有灯浮。高集海堤有一堤洞， 该洞高 11.7米，长24.1米，宽13.3米，水深-1.2米，只能供小船进出。在高集海堤东约250米处建有厦门大桥， 其桥洞高于高集海堤洞口。
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